1947'de Rize'nin Güneyce Nahiyesi'nde doğdu. İlkokulu ve hafızlığı köyünde tamamladı. 1968'de İstanbul İmam-Hatip Okulunu, 1969'da İstanbul Eyüp Lisesini, 1972'de İstanbul Yüksek İslam Enstitüsünü, 1977'de İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Sosyoloji Bölümünü bitirdi.
1972-77 yılları arasında lise öğretmenliği yaptı. 1977'de İstanbul Yüksek İslam Enstitüsünde Pedagojik Formasyon Dersleri Asistanlığına atandı. 1980'de "İslam'da Eğitim" adlı teziyle Öğretim Görevliliğine getirildi. 1982'de "Farabi'de Devlet Felsefesi" adlı teziyle İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Sosyoloji Bölümünden Doktora payesini aldı. 1983'de Yardımcı Doçent, 1986'da Doçent ve 1993'de Profesör oldu.
1984-85 akademik yılını, sahasında araştırmalar yapmak üzere İngiltere'de geçirdi. 1985 yılında "International Visitor" olarak Amerika'da bulundu, çeşitli üniversitelerde konferanslar verdi. Bu konferansları sonraki dönemlerde İngiltere, Almanya, Hollanda ve Belçika'da yaşayan Türk işçilerine yönelik olarak sürdürdü.
"İslam'da Eğitim" adlı eseri Türkiye Milli Kültür Vakfı ödülüne layık görüldü.
"İslam'da Eğitim", "Farabi'de Devlet Felsefesi", "İmtihan Pedagojisi", "Ayetlerin Işığında İman, İbadet ve Ahlak Üzerine Sohbetler", "Kadın, Sevgi ve Temel Haklar", "Mukayeseli Eğitim Felsefesi Sistemleri", "Kur'an'da Değişim, Gelişim ve Kalite Kavramları" ve halen yazmakta olduğu, 10 cildinin de çıktığı "Yeni Bir Anlayışın Işığında Kur'an Tefsiri" eserleri ve İngilizce yayınlanmış makaleleri bulunan Bayraklı, ayrıca "Din Eğitimi Araştırmaları Dergisi"ni de çıkarmaktadır.
Halen M.Ü. İlahiyat Fakültesi Din Eğitimi Anabilim Dalı Başkanlığı görevinin yanında bilimsel araştırmalarını da aralıksız sürdüren Bayraklı, Arapça ve İngilizce biliyor.
